截至2014年1月，东南大学拥有29个博士学位一级学科授权点，49个硕士学位一级学科授权点， 5个国家一级重点学科（涵盖15个二级学科），5个国家二级重点学科，1个国家重点（培育）学科，11个江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科（群），14个江苏省一级学科重点学科，28个博士后科研流动站。

在2012年第三轮全国学科评估中，15个学科进入前20%，有12个学科进入全国前七位，有10个学科位列全国前五位，其中生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论等3个学科位列全国第一位，建筑学、电子科学与技术、风景园林学等3个学科位列全国第二位，土木工程、城乡规划学等2个学科位列全国第三位，信息与通信工程位列第四位，仪器科学与技术位列第五位，动力工程及工程热物理位列第六位，公共卫生与预防医学位列第七位，排名第一的学科数并列全国高校第七位。工程学、材料科学、数学、物理学、化学、临床医学和计算机科学等7个学科进入ESI世界前1%；工程学上升到第83位 。

国家重点学科

一级学科重点学科（5个）

1、电子科学与技术（物理电子学，电路与系统，微电子学与固体  电子学，电磁场与微波技术）

2、信息与通信工程（通信与信息系统，信号与信息处理）

3、建筑学（建筑历史与理论，建筑设计及其理论，城市规划与设计，建筑技术科学）

4、交通运输工程（道路与铁道工程，交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程）

5、生物医学工程（不分设二级学科）

二级学科重点学科（5个）

艺术学，热能工程，控制理论与控制工程，计算机应用技术，结构工程

国家重点（培育）学科（1个）

机械制造及其自动化

江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科（群）（11个）

电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机
科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、医学技术、新材料及其应用（主要依托学科：材料科学与工程、机械工程、化学工程与技术）、新能源发电与利用（主要依托学科：动力工程及工程热物理、电气工程）

一级学科省重点学科（14个）

哲学、数学、生物学、 统计学、光学工程、仪器科学与技术、环境科学与工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、临床医学、公共卫生与预防医学、管理科学与工程、艺术学理论

 

博士学位授权一级学科点（29个）

哲学、应用经济学、数学、物理学、生物学、统计学、机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、化学工程与技术、交通运输工程、环境科学与工程、生物医学工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、临床医学、公共卫生与预防医学、管理科学与工程、艺术学理论

硕士学位授权一级学科点（49个）

哲学、 应用经济学、法学、社会学、马克思主义理论、教育学、心理学、体育学、中国语言文学、外国语言文学、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、力学、 机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、水利工程、测绘科学与技术、化学工程与技术、交通运输工程、环境科学与工程、 生物医学工程、城乡规划学、风景园林学、软件工程、 基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、护理学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、图书情报与档案管理、艺术学理论、美术学、设计学