截止2014年，学校拥有一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科4个（国家重点学科覆盖的二级学科总数为9个）；有5个江苏省优势学科，7个江苏省一级重点学科，7个工信部重点学科；9个国家级特色专业，34个江苏省品牌特色专业，4个国防重点建设专业。

同期，学校设有14个一级学科博士后流动站，16个一级学科博士学位授权点，30个一级学科硕士学位授权点，具有金融硕士、国际商务硕士、社会工作硕士、翻译硕士、工程硕士、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）、会计硕士、图书情报硕士、工程管理硕士等10个专业学位授予点。

一级学科博士学位授权点：

兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、管理科学与工程、环境科学与工程、软件工程、数学、电子科学与技术。

一级学科硕士学位授权点：

兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与技术、生物医学工程、化学、动力工程及工程热物理、安全科学与工程、应用经济学、工商管理、图书馆情报档案管理、电气工程、土木工程、设计学、交通运输工程、物理学、统计学、计算机科学与技术、管理科学与工程、航空宇航科学与技术、环境科学与工程、软件工程、数学、电子科学与技术。

兵器科学与技术、仪器科学与技术、控制科学与工程、机械工程、材料科学与工程、光学工程、化学工程与技术、力学、信息与通信工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、管理科学与工程、航空宇航科学与技术、环境科学与工程。

教育部第三轮全国高校学科评估结果发布，南京理工大学共有14个学科参评，3个学科排在前10位，其中，兵器科学与技术排在第1位。