根据2014年6月学校官网显示，学校设有94个本科专业，建有3个一级学科博士学位授权点，二级学科博士学位授权点有20余个，17个一级学科硕士学位授权点和105个二级学科硕士学位授权点。拥有1个江苏省高校国家重点学科培育建设点，6个江苏省一级学科重点学科，3个江苏省一级学科重点建设学科，5个省优秀学科梯队，2个江苏省高校优势学科建设工程一期项目。[6]

南通大学博硕士点一览表

国家重点学科培育建设点（1个）：人体解剖与组织胚胎学

 

省高校优势学科（2个）：基础医学、新能源及其装备

省一级学科重点学科（6个）：基础医学、信息与通信工程、临床医学、中国语言文学、特种医学、美术学

省重点学科（6个）：人体解剖与组织胚胎学、 中国古代文学、通信与信息系统、航空、航天与航海医学、内科学、外科学

省重点建设学科（3个）：机械设计及理论、控制理论与控制工程、眼科学

省优秀学科梯队（5个）：人体解剖与组织胚胎学、中国古代文学、机械设计及理论、通信与信息系统、骨外科

省医学重点学科（3个）：手外科、眼科学、实验诊断学

省临床医学中心（1个）：手外科

省临床医学重点专科（10个）：血液内科、消化内科、心血管内科、普外科、骨外科、眼科、医学检验神经内科 、皮肤性病学、肾内科