根据2015年1月学校官网显示，学校有一级学科博士学位授权 点8个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、人文医学）、二级学科博士学位授权点50个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。 4个学科进入“基本科学指标”数据库（Essential ScienceIndicators，简称ESI）全球前1%。

内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学

病理学与病理生理学

基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学

 

 

在教育部2012年第三次学科评估中，南京医科大学共有5个一级学科参评，结果如下：

基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、口腔医学、药学等